Workshop gav ny viden om sekventeringssoftware

Workshoppen var tilrettelagt i samarbejde med Center for RNA Medicin og Klinisk Institut ved Aalborg Universitet og Computerome, DTU, og omhandlede den nyeste version af softwarepakken Genome Analysis Toolkit.

- Det er en pakke, som er meget anvendt i mange forskningsprojekter verden over, da den indeholder en række værktøjer til analyser af genomiske data. På Hæmatologisk Forskningsafsnit anvender vi den blandt andet i vores studier af tilbagefald efter kræft, og vi har derfor haft stor interesse i at lære om nyheder og nye funktioner i programmet, fortæller Rasmus Froberg Brøndum, der er senior-bioinformatiker ved det hæmatologiske forskningsafsnit på Aalborg UH.

I alt var der samlet mere end 30 deltagere fra 20 forskellige institutioner og 10 lande til workshoppen, hvor instruktører fra Broad Institute, der står bag softwaren, leverede undervisningen.

- Vi tænkte, at vores kollegaer inden for bioinformatik-netværket i både Danmark og udlandet kunne have en tilsvarende interesse i at lære mere om mulighederne i softwaren, så det var naturligt at tilrettelægge det som et ph.d.-kursus, hvor så mange som muligt kunne deltage, siger Rasmus Froberg Brøndum.

Workshoppen er blevet til med støtte fra DCCC (Danish Comprehensive Cancer Center) og blev afholdt på Aalborg Universitets lokaler i Sydhavnen i København. 

- Det var særdeles lærerigt at få indsigt i den seneste udvikling inden for beregningsteknikker til håndtering af high throughput sekventeringsdata. Disse teknikker er afgørende for vores arbejde inden for forskning og implementering af personlig medicin i cancerbehandlingen. Konkret betyder det, at vi vil kunne optimere på vores nuværende beregninger, så de kan blive mere præcise og måske også hurtigere, hvilket er vigtigt set i forhold til, hvor store og tunge data, vi arbejder med, siger Rasmus Froberg Brøndum.

Kate fra Broad Institute gennemgår en af eftermiddagens øvelser. Foto: Privat.