Afdelingen varetager hovedparten af den højtspecialiserede kirurgisk-gastroenterologiske behandling i Region Nordjylland og har landsdels funktioner med et optageområde på knap 600.000 indbyggere.
Afdelingen har ca. 19.000 ambulante kontakter og ca. 6800 operationer per år og dens primære opgave er kirurgisk gastroenterologisk diagnostik, behandling og pleje af høj kvalitet, hvilket forudsætter videnskabelig evidens. Afdelingen har aktivt satset på at øge den videnskabelige produktion. Afdelingen har til stadighed flere Ph.D studerende.
Som en konsekvens af at Aalborg Sygehus er en del af Aarhus Universitetshospital med krav om, at alle afdelinger er forskningsaktive, er det afdelingens ambition at opprioritere forskningen og udbrede den til at omfatte såvel grundforskning som kliniske undersøgelser inden for en række fokusområder. Dette skal ske ved i højere grad at integrere forskningen i det daglige arbejde, at opbygge netværk med andre afdelinger indenfor universitetshospitalet og forskergrupper på Aalborg Universitet og samt at sikre ressourcer til frikøb af forskere. På denne måde skal forskning indgå som en del af afdelingens kerneydelser på lige fod med det almindelige kliniske arbejde og undervisningsfunktionen. Dette har vigtig betydning for rekruttering og fastholdelse af kvalificeret personale udover at sikre og udvikle de kliniske landsdels-funktioner.