Ph.d.-forsvar ved Simone Karlsson Terp

Æggestokkræft er en af de mest dødelige gynækologiske kræftformer, hovedsageligt fordi sygdommen oftest opdages på et fremskredent stadie, hvor behandlingsmulighederne er begrænsede. Tidlig påvisning forbedrer overlevelsen markant, men de nuværende metoder mangler den nødvendige følsomhed og specificitet til pålidelig diagnostik. Cellefrit DNA (cfDNA) har vist sig som en ikke-invasiv kilde til tumorafledt molekylær information. Ændrede metyleringsmønstre i cfDNA er lovende som stabile, kræftspecifikke biomarkører, men præcise analyser heraf er fortsat teknisk udfordrende.

Formålet med afhandlingen var at vurdere metyleringsanalyser af cfDNA i æggestokkræft ved at belyse metodiske forhold og undersøge kræftrelaterede metyleringsmønstre. Studie I gennemgik systematisk 29 studier og viste, at paneler af metyleringsmarkører har bedre diagnostisk nøjagtighed end enkelt genmarkører, men fandt samtidig betydelig metodisk variation, hvilket understreger behovet for standardisering og prospektiv validering. Studie II sammenlignede fire metoder til ekstraktion af cfDNA, hvor ét kit gav det højeste udbytte og den bedste genvinding, hvilket understreger vigtigheden af optimerede præanalytiske procedurer. Studie III sammenlignede cfMeDIP-seq med ONT-seq og viste, at den førstnævnte metode gav bredere dækning og højere udbytte, mens ONT-seq var begrænset af lavere udbytte. Studie IV kortlagde helgenomsmetylering i cfDNA hos patienter med æggestokkræft, personer med godartede tilstande i æggestokkene og raske kontrolpersoner og påviste ensartede hypermetyleringsmønstre med 15 gener, der viste øget metylering ved kræft.

Samlet viser afhandlingen, at metyleringsanalyser af cfDNA kan påvise hypermetyleringsmønstre ved æggestokkræft og belyser væsentlige metodiske udfordringer.

Tid og sted

Ph.d.-forsvaret afholdes fredag den 10. oktober kl. 13 i lokale 11.01.032A på AAU Sund, Selma Lagerløfs Vej 249, Gistrup . Alle interesserede er velkomne

Vejledere og bedømmelsesudvalg

Vejledere

• Professor Inge Søkilde Pedersen,
  Department of Molecular Diagnostics, Aalborg University Hospital, Department of Clinical Medicine, Aalborg University, Denmark
• Professor Karen Dybkær,
  Department of Hematology, Aalborg University Hospital, Department of Clinical Medicine, Aalborg University, Denmark

Bedømmelsesudvalg

• Associate Professor Malene Møller Jørgensen (Chair),
  Department of Clinical Immunology, Aalborg University Hospital, Department of Clinical Medicine, Aalborg University, Denmark
• Professor Guro Elisabeth Lind,
  Department of Molecular Oncology, Institute for Cancer Research, Oslo University Hospital, Department of Biosciences, University of Oslo, Norway
• Professor Per Guldberg,
  Institute of Molecular Medicine, University of Southern Denmark, Denmark