Afdelingens forskning har tidligere været begrænset til kliniske undersøgelser og projekter baseret på et forholdsvist stort patientgrundlag og en bred ambulant og operativ aktivitet.
Den kliniske forskning har været støttet af en tradition for en række kliniske data-baser med registrering af forskellige operationstyper og deres resultater gennem en længere årrække. Det drejer sig bl.a. om thyreoidea-, øre-, spytkirtlel-, og FESS-databaser.
Med optagelsen af Aalborg Sygehus som en del af Aalborg Universitet i 2013 er sket en opprioritering af forskningen, og der er indledt en række af tværfaglige samarbejder indenfor sygehuset og eksternt med sigte på mere basale forsknings-projekter. I den forbindelse er der udarbejdet en strategi mhp. fremme af forskningen og defineret satsningsområder.
Afdelingens satningsområder, baggrunde for disse og aktuelle forskningsprojekter er beskrevet nedenfor.