Forskningsenhed for Klinisk Sygepleje blev oprettet den 31. marts 2000. Forskningsenhedens første strategi og 5-årige handleplan, 2000–2004, blev struktureret efter den Nationale delstrategi for sygeplejeforskning 1999-2002.
Oprettelsen af Forskningsenhed for Klinisk Sygepleje var i første omgang afledt af den første strategi for den sundhedsvidenskabelige forskning ved Aalborg Sygehus, gældende i perioden 1998–2001. I daværende strategi blev der peget på udvikling af selvstændig forskning inden for sygeplejen som et potentielt vækstområde. Yderligere blev oprettelsen beskrevet i det strategiske handlingsoplæg for sygeplejen ved Aalborg Sygehus af 1997, evalueret 2000 og 2003.
På nationalt plan udgav man National delstrategi for sygeplejeforskning år 1999-2002 (Dansk Sygeplejeråd 1999). En strategi afledt af the European Health Comitee, 1996. De europæiske sundhedsministre udtrykte hvilken vigtig rolle, sygeplejersker spiller inden for sundhedsområdet. En af måderne, hvorpå man kan styrke denne rolle, er at fremme sygeplejeforskningen.
Pr. 1. januar 2003 fik Aalborg Sygehus status af Aarhus Universitetshospital med betydning for forskning, uddannelse og udvikling. Aalborg Sygehus udarbejdede ny strategi for den sundhedsvidenskabelige forskning (Forskningsadministrationen, maj 2002). Forskningsenhed for Klinisk Sygepleje tog initiativ til sammen med nøglepersoner på sygehuset at få udarbejdet en ny strategi (2004–2008) - i tråd med Aalborg Sygehus' samlede sundhedsvidenskabelige strategi.
Som et led i den fortsatte udbygning af universitetshospitalet ønskede oversygeplejersker, udviklingssygeplejersker og forskere en stærkere infrastruktur med tydeligere forskerfokusering. Dette resulterede i tredje strategi for forskning i klinisk sygepleje 2009 - 2013.
I 2010 havde FoKSy 10 årsjubilæum. Charlotte Delmar, daværende forskningsleder og foregangskvinde for forskningsenheden, ses på billedet.
Et seminar blev afholdt i anledning af 10 året, og af abstraktbogen fremgår det fint, hvad FoKSy havde oparbejdet af forskningsflader og samarbejde.
FoKSy, ledende sygeplejersker og udviklingssygeplejersker arbejder nu på en forskningsstrategi for 2013-2018, hvor Aalborg Sygehus, Aarhus Universitetshospital, overgår til Aalborg Universitetshospital. Forskningsstrategien etableres således i et organisatorisk skift, hvor rammen for universitetshospitalssamarbejdet mellem Aalborg Universitetshospital og Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet Aalborg Universitet bliver etableret i et nyt klinisk institut.