Børne- og Ungeafdelingen, Aalborg Universitetshospital har landsdelsfunktion og modtager børn med samtlige medicinske sygdomme fra hele Region Nordjylland. Endvidere modtages børn med visse kirurgiske lidelser, som behandles i samarbejde med relevante kirurgiske specialer på sygehuset, hvoraf særligt skal fremhæves neurokirurgisk-, ortopæd.kirurgisk og urologisk afdeling.
Afdelingen har 6 erklærede ekspertfunktionsområder: neonatologi, onkologi/hæmatologi, intensiv pædiatri, allergologi/immun-defektsygdomme, endokrinologi inkl. diabetes mellitus og neuropædiatri. Endvidere varetages børnekardiologi og børnerheumatologi i tæt samarbejde med Skejby Sygehus.
Afdelingen har som led i samarbejdsaftalen med Pædiatrisk afdeling, Skejby sygehus indgået aftale om en række specialiserede undersøgelser og behandlinger.
Afdelingen har endvidere udadrettede regionsdækkende aktiviteter, specielt på handicapområdet, hvor der er tillagt afdelingen forpligtelser i forhold til særligt protokollat. Hertil kommer eksterne samarbejdsrelationer, blandt andet vedrørende børnemishandling og gravide med alkohol- og narkotikaproblemer.